มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชาวิทยาลัยเปิดการเรียนการสอนระดับปริญญาเอกหรือที่เรียกว่าระดับดุษฎีบัณฑิครั้งแรกเมื่อวันที่ 10 ธันวาคม 2548 ในวันนั้นเจ้าประคุณสมเด็จพระญาณวโรดม อุปนายกสภามหาวิทยาลัย และเจ้าประคุณสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ อธิการบดีมาร่วมงานในวันเปิดด้วยพร้อมทั้งได้มอบพระนิรันตรายให้แก่นักศึกษาทุกท่าน เจ้าประคุณฯทั้งสองต่างก็มีใบหน้าที่ยิ้มแย้มแจ่มใสเสมือนหนึ่งจะบ่งบอกว่าบัดนี้มหาวิทยาลัยได้บรรลุวัตถุประสงค์ในการดำเนินการในระดับมหาวิทยาลัยอย่างสมบูรณ์แบบแล้วนั่นคือเปิดการเรียนการสอนได้ครบทั้งศาสนศาสตรบัณฑิต ศาสนศาสตรมหาบัณฑิตและศาสนศาสตรดุษฎีบัณฑิต
เห็นนักศึกษาเข้ารับปริญญาต่างก็มีใบหน้าแสดงออกถึงการมึความสุข แม้จะต้องทนรอเกือบทั้งวันก็ตาม แต่วันนั้นกลับย้อนคิดไปถึงอดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหามกุฏรราชวิทยาลัยทั้งสามท่านคือพระศรีวิสุทธิญาณ(สุชีพ ปุญญานุภาพ)สมเด็จพระญาณวโรดม และสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ ซึ่งท่านทั้งสามได้จากโลกนี้ไปแล้ว อธิการบดีรูปปัจจุบันคือพระเทพปริยัติวิมลได้สานต่อปณิธาณขององค์อดีตอธิการบดีทั้งสามท่านอย่างแน่วแน่ สร้างมหาวิทยาลัยแห่งใหม่บนเนื้อที่กว่า 180 ไร่ที่ศาลายา นครปฐม
นักศึกษารุ่นแรกที่เข้าเรียนในระดับปริญญาเอก สาขาพุทธศาสน์ศึกษามีจำนวนถึง 19 ท่านเป็นพระภิกษุห้ารูป(จบไปแล้วสองรูป)แม่ชีหนึ่งท่าน และเป็นคฤหัสถ์จำนวน 13 คน พอเรียนไปสักพักมีท่านหนึ่งเป็นผู้บริหารระดับผู้อำนวยการจำต้องหยุดพักการเรียนเพราะมีงานมาก ไม่สามารถจะทำรายงานส่งอาจารย์ทันตามกำหนดได้ การเรียนในยุคแรกใช้อาคารเรียนชั้นห้า ตึก สว.ธรรมนิเวศ วัดบวรนิเวศวิหารเป็นที่เรียนซึ่งเรียนเฉพาะวันเสาร์และวันอาทิตย์เพราะนักศึกษาที่มาเรียนต่างก็มีงานทำหมดทุกคนแล้ว
เรียนที่วัดบวรนิเวศวิหารได้เพียงเทอมเดียว พอขึ้นเทอมที่สองก็ต้องย้ายมาเรียนที่วัดอาวุธวิกสิตาราม บางพลัด เรียนจนจบภาคทฤษฎีสามเทอมการศึกษา จากนั้นจึงเริ่มเขียนวิทยานิพนธ์ มหาวิทยาลัยแห่งนี้ยังใช้คำว่าวิทยานิพนธ์แทนที่จะใช้คำว่าดุษฎีนิพนธ์ นักศึกษาทุกท่านจึงต้องแยกย้ายกันเพื่อเขียนวิทยานิพนธ์ตามหัวข้อที่ได้รับการอนุมัติจากบัณฑิตวิทยาลัย
ต้นปีพุทธศักราช 2553 ก็ได้ย้ายจากวัดอาวุธวิกสิตารามมาท่านมหาวิทยาลัยแห่งใหม่ที่ศาลายาในปัจจุบัน และเปิดเพิ่มขึ้นอีกหนึ่งสาขาคือสาขาวิชาศาสนาและปรัชญา ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยจึงเปิดการเรียนการสอนในระดับปริญญาเอกสองสาขาวิชาคือสาขาวิชาพุทธศาสน์ศึกษาและสาขาวิชาศาสนาและปรัชญา ใครอยากสมัครเรียนติดต่อได้โดยตรงที่บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ศาลายา นครปฐม นักศึกษาปริญญาเอกรุ่นแรกบางท่านจึงต้องเรียนสามแห่ง เพราะย้ายสามครั้ง รุ่นแรกยังเหลืออีกกว่าครึ่ง แม้จะเรียนมาแล้วห้าปีเต็มครบหลักสูตรตามกำหนดแล้วก็ตาม แต่บางท่านบอกว่าผมจะเรียนแปดปี ดอกเตอร์นั้นเป็นเมื่อไหร่ก็ไม่สาย ท่านนะเรียนได้แต่มหาวิทยาลัยจะอนุญาตหรือไม่ ฝากบอกเพื่อนๆรุ่นหนึ่งด้วยอย่ารอช้ากาลเวลาไม่รอใคร พรรคพวกเขาจบไปแล้วสิบท่าน อีกเก้าท่านก็อยากร่วมแสดงความยินดีในวันรับปริญญาปีหน้า
ในปีพุทธศักราช 2552 มีนักศึกษาที่เขียนวิทยานิพนธ์จบและสอบผ่านจนสามารถเข้ารับปริญญาศาสนศาสตรดุษฎีบัณฑิตจำนวนสองท่าน เป็นพระภิกษุหนึ่งท่าน และคฤหัสถ์อีกหนึ่งท่าน เข้ารับปริญญาที่หอประชุมอาคารสุชีพ ปุญญานุภาพ ซึ่งจัดขึ้นเป็นปีแรกในเดือนพฤษภาคม วันนั้นเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ ประธานคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชเป็นประธานในการประทานปริญญาบัตร
ในปีพุทธศักราช 2553 ดุษฎีบัณฑิตที่สำเร็จการศึกษามีจำนวนถึงสิบท่าน เข้ารับปริญญาที่เดิมคือหอประชุมสุชีพ ปุญญานุภาพซึ่งเป็นอดีตอธิการบดีรูปแรกของมหาวิทยาลัยแห่งนี้ ในสมัยนั้นตำแหน่งอธิการบดีเรียกว่าเลขาธิการสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย มหาวิทยาลัยได้นำชื่อของท่านมาตั้งชื่ออาคารที่เป็นหอประชุมใหญ่
ส่วนอดีตอธิการบดีอีกสองท่านคือสมเด็จพระญาณวโรดม อธิการบดีรูปที่สอง มหาวิทยาลัยก็ได้นำเป็นชื่ออาคารหอสมุดเรียกว่าหอสมุดสมเด็จพระญาณวโรดม ในวันรับปริญญานักศึกษาที่จะเข้ารับปริญญาทั้งหมดพักอยู่เต็มตัวอาคารหอสมุด อธิการบดีรูปที่สามคือสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ มหาวิทยาลัยก็ได้นำมาเป็นชื่ออาคารที่ทำการสำนักงานอธิการในปัจจุบัน น่าสังเกตคืออาคารทั้งสามหลังตั้งอยู่ข้างๆกัน สามารถเดินไปมาหาสู่กันได้โดยสะดวก เสมือนหนึ่งว่าอดีตอธิการบดีทั้งสามท่านยังคงอยู่ร่วมกันภายในมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย แม้ว่าอดีตอธิการบดีทั้งสามท่านจะจากโลกนี้ไปแล้วก็ตาม บุคคลมาสร้างความดีไว้แม้ร่างกายจะละจากโลกนี้ไปแล้วก็ตาม แต่ทว่าชื่อเสียงและคุณงามความดีของท่านเหล่านั้นยังคงอยู่ บัณฑิตที่เข้ารับปริญญาจะต้องจดจำชื่อทั้งสามนี้ได้ เพราะมีส่วนเกี่ยวข้องกับการเข้ารับปริญญา
ในวันรับปริญญาศาสนศาสตรบัณฑิตเป็นรุ่นที่ 56 แล้ว ศาสนศาสตรบัณฑิตสมัยที่ 18 และศาสนศาสตรบัณฑิตสมัยที่ 2 เว็บมาสเตอร์ไชเบอร์วนารามเข้ารับปริญญาศาสนศาสตรบัณฑิตรุ่นที่ 38 ซึ่งก็ผ่านมา 18 ปีแล้ว บางคนสงสัยว่าทำไมปริญญาตรีจึงใช้คำว่ารุ่น ส่วนปริญญาโทและเอกจึงใช้คำว่าสมัย ครั้งหนึ่งคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยเคยอธิบายให้ฟังว่า “นักศึกษาระดับปริญญาตรีนั้นส่วนมากจะเข้ามาพร้อมกันและจบพร้อมกัน เรียนสี่ปีก็ได้รับปริญญา ส่วนปริญญาโทและเอกนั้นแม้จะเข้ามาพร้อมกันแต่จบไม่พร้อมกัน ใครเขียนวิทยานิพนธ์จบก่อน เสนอสอบและจบเป็นรายบุคคล ดังนั้นจึงเรียกว่าสมัย บางคนจบภายในเวลาสามปี บางคนสี่ปี บางคนห้าปี ส่วนบางคนไม่จบ”
การจัดการศึกษาในระดับมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์นั้นจะต้องมีครบทั้งสามระดับคือปริญญาตรี โท เอก มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยจัดการศึกษาในรูปแบบของมหาวิทยาลัยมาตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2488 เปิดสอนในระดับบัณฑิตวิทยาลัยประมาณปีพุทธศักราช 2530 และเปิดสอนในระดับปริญญาเอกตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2548 ในวันนี้จึงมีครบทั้งสามระดับ
อดีตอธิการบดีทั้งสามท่านแม้จะไม่ได้อยู่เห็นความสำเร็จของบัณฑิตอันเป็นผลผลิตของมหาวิทยาลัย แต่ทว่าชื่อของท่านยังคงอยู่ให้บัณฑิตทั้งหลายได้ระลึกนึกถึง จากจุดเริ่มต้นที่มีบัณฑิตเข้ารับปริญญาจากสมเด็จพระสังฆราชรุ่นแรกเป็นพระภิกษุเพียง 8 รูปซึ่งบัณฑิตรุ่นแรกบางท่านยังมีชีวิตอยู่แต่อายุเกินแปดสิบไปแล้ว ปัจจุบันเมื่อกาลเวลาผ่านไป 65 ปีมีบัณฑิตเข้ารับปริญญาจำนวน 5410 รูป/คนมีทั้งพระภิกษุ แม่ชี คฤหัสถ์ทั้งชายและหญิง ขอแสดงความยินดีกับบัณฑิตทุกท่านที่ฝ่าฟันอุปสรรคจนถึงฝั่งแห่งความสำเร็จ วันนี้เราแสดงความยินดีกับพวกท่าน คงมีสักวันที่ท่านจะได้แสดงความยินดีกับเราบ้าง
พระมหาบุญไทย ปุญญมโน
29/11/53